Es una pregunta compleja la de cuando es mejor estirar. Depende si el objetivo es estirar como vuelta la calma y favorecer la recuperación o si lo que se pretente es realizar una sesión para desarrollar la movilidad articular.
En el primer caso yo apostaría por introducir ejercicios durante toda la sesión. Comenzaría por métodos pasivos en el calentamiento e iría avanzando introduciendo estiramientos dinámicos entre ejercicios para terminar con una sesión con de estiramientos suaves y pasivos que faciliten el flujo sanguíneo y "limpien" el músculo evitando adherencias y que se quede retraído. Al finalizar el entrenamiento los músculos están fatigados y no es el mejor momento para llevarlos a su límite de tensión.
Si no tienes claro cómo hacer estiramientos dinámicos aquí te lo explicamos con detalle
En el segundo caso, si el objetivo es desarrollar la flexbilidad y movilidad articular se hace necesaria una sesión específica de flexibilidad intentando que no sea después de un entrenamiento. En personas ya en forma son interesantes métodos avanzados como estiramientos dinámicos y PNF, aunque hay que tener en cuenta que estos métodos son más exigentes y se hace necesaria una buena forma física, control postural y calentamiento previo con métodos pasivos.